Para realizar cualquier trabajo en bonsai, ya sea trasplante, defoliación, poda..., es necesario tener una serie de herramientas con las que poder desarrollar el trabajo. Es muy importante la calidad de estas herramientas, ya que se usan mucho. Las herramientas japonesas son la mejor opción, no hay que comprar nunca herramientas chinas ya que se rompen fácilmente y se oxidan. Se pueden comprar herramientas recubiertas de acero inoxidable para que no se oxiden y duren más tiempo.
Las herramientas más iimportantes son las siguientes: